Həyatının son illərində Şəfiqə Axundovanın səhhəti xeyli pisləşmişdi. Ayaqlarında, nitqində və yemək qəbulunda problemlər yaranmışdı. 11 iyul 2013-cü il tarixdə Şəkidə olarkən səhhəti qəflətən daha da pisləşmiş, əvvəl Şəki Mərkəzi rayon Xəstəxanasının, sonra isə 1 saylı Bakı Şəhər Kliniki Xəstəxanasının reanimasiya şöbəsinə yerləşdirilmiş, növbəti günlərdə vəziyyəti bir qədər yaxşılaşsa da, 26 iyul tarixdə saat 12 radələrində reanimasiya şöbəsində vəfat etmişdir. 27 iyul tarixdə Rəşid Behbudov adına Mahnı Teatrında təşkil olunmuş vida mərasimindən sonra Fəxri Xiyabanda dəfn edilmişdir<ref>[http://news.day.az/society/418498.html Состоялась церемония прощания с композитором Шафигой Ахундовой]</ref>.
+
Həyatının son illərində Şəfiqə Axundovanın səhhəti xeyli pisləşmişdi. Ayaqlarında, nitqində və yemək qəbulunda problemlər yaranmışdı. 11 iyul 2013-cü il tarixdə Şəkidə olarkən səhhəti qəflətən daha da pisləşmiş, əvvəl Şəki Mərkəzi rayon Xəstəxanasının, sonra isə 1 saylı Bakı Şəhər Kliniki Xəstəxanasının reanimasiya şöbəsinə yerləşdirilmiş, növbəti günlərdə vəziyyəti bir qədər yaxşılaşsa da, 26 iyul tarixdə saat 12 radələrində reanimasiya şöbəsində vəfat etmişdir. 27 iyul tarixdə Rəşid Behbudov adına Mahnı Teatrında təşkil olunmuş vida mərasimindən sonra Fəxri Xiyabanda dəfn edilmişdir<ref>{{cite news |last= |first= |title=Состоялась церемония прощания с композитором Шафигой Ахундовой |date=27 июля 2013 16:07 |publisher=news.day.az |work= |location= |url=https://news.day.az/society/418498.html|language=ru |accessdate= |archiveurl=https://web.archive.org/web/20200323232244/https://news.day.az/society/418498.html |archivedate=29 Jul 2013 - 23 Mar 2020 }}</ref>.